alpine package

Subpackages

• alpine.dataloaders package
  • Submodules
  • alpine.dataloaders.bio module
    • load_nii_gz()
    • load_pdb()
    • normalize_fn()
  • alpine.dataloaders.coordinate_datasets module
    • BatchedCoordinateDataset
      • BatchedCoordinateDataset.__getitem__()
      • BatchedCoordinateDataset.__init__()
      • BatchedCoordinateDataset.build_coordinate_tensors()
    • CoordinateDataset
      • CoordinateDataset.__init__()
      • CoordinateDataset.build_coordinate_tensors()
    • unflat_index()
  • alpine.dataloaders.env module
    • load_nlcd()
    • nlcd_to_integer_index()
    • remap_nlcd()
  • alpine.dataloaders.signal_dataloaders module
    • BatchedNDSignalLoader
      • BatchedNDSignalLoader.__getitem__()
      • BatchedNDSignalLoader.__init__()
      • BatchedNDSignalLoader.build_coordinate_tensors()
      • BatchedNDSignalLoader.setup_signal()
    • NDSignalLoader
      • NDSignalLoader.__getitem__()
      • NDSignalLoader.__init__()
      • NDSignalLoader.build_coordinate_tensors()
      • NDSignalLoader.setup_signal()
  • Module contents
• alpine.losses package
  • Submodules
  • alpine.losses.loss_functions module
    • MSELoss
      • MSELoss.__init__()
      • MSELoss.forward()
  • Module contents
• alpine.metrics package
  • Submodules
  • alpine.metrics.ssim module
    • SSIM
      • SSIM.__init__()
      • SSIM.compute()
      • SSIM.higher_is_better
      • SSIM.update()
  • Module contents
• alpine.models package
  • Subpackages
    • alpine.models.nonlin package
      • Submodules
      • alpine.models.nonlin.nonlin module
      • Module contents
  • Submodules
  • alpine.models.ffn module
    • FFN
      • FFN.__init__()
      • FFN.forward()
      • FFN.load_weights()
    • PosEncoding
      • PosEncoding.__init__()
      • PosEncoding.forward()
  • alpine.models.siren module
    • Siren
      • Siren.__init__()
      • Siren.forward()
      • Siren.load_weights()
    • get_linear_layer()
  • alpine.models.strainer module
    • Strainer
      • Strainer.__init__()
      • Strainer.forward()
      • Strainer.load_encoder_weights()
      • Strainer.load_weights()
    • get_linear_layer()
  • alpine.models.utils module
    • get_coords_nd()
    • get_coords_spatial()
  • alpine.models.wire module
    • Wire
      • Wire.__init__()
      • Wire.forward()
      • Wire.load_weights()
    • get_linear_layer()
  • Module contents
• alpine.trainers package
  • Submodules
  • alpine.trainers.alpine_base module
    • AlpineBaseModule
      • AlpineBaseModule.__init__()
      • AlpineBaseModule.compile()
      • AlpineBaseModule.fit_signal()
      • AlpineBaseModule.forward()
      • AlpineBaseModule.forward_w_features()
      • AlpineBaseModule.get_layers()
      • AlpineBaseModule.register_loss_function()
      • AlpineBaseModule.render()
  • alpine.trainers.feature_extractor module
    • FeatureExtractor
      • FeatureExtractor.__enter__()
      • FeatureExtractor.__exit__()
      • FeatureExtractor.__init__()
  • alpine.trainers.meta module
    • MAML
      • MAML.__init__()
      • MAML.fit_signal()
      • MAML.forward_w_params()
      • MAML.generate_params()
      • MAML.loss_fn_inner()
      • MAML.loss_fn_mse()
      • MAML.setup_init_lr()
  • alpine.trainers.pl module
    • LightningTrainer
      • LightningTrainer.__init__()
      • LightningTrainer.configure_optimizers()
      • LightningTrainer.on_test_end()
      • LightningTrainer.on_test_epoch_end()
      • LightningTrainer.set_closure()
      • LightningTrainer.test_step()
      • LightningTrainer.train_dataloader()
      • LightningTrainer.training_step()
  • Module contents
• alpine.utils package
  • Submodules
  • alpine.utils.checkers module
    • check_lossfn_types()
    • check_opt_types()
    • check_sch_types()
    • wrap_signal_instance()
  • alpine.utils.coords module
    • get_coords2d()
    • get_coords3d()
    • get_coords3d_INT()
    • get_coords_nd()
    • get_coords_spatial()
  • alpine.utils.functional module
    • functional_model_call()
    • get_stacked_weights_and_bias_from_statedicts()
  • alpine.utils.volutils module
    • march_and_save()
  • Module contents
    • normalize()
    • normalize_nd()
• alpine.vis package
  • Subpackages
    • alpine.vis.geometry package
      • Submodules
      • alpine.vis.geometry.local_complexity module
      • alpine.vis.geometry.partitions module
      • Module contents
  • Submodules
  • alpine.vis.clustering module
    • KMeans
      • KMeans.__init__()
      • KMeans.fit()
      • KMeans.fit_predict()
      • KMeans.predict()
  • alpine.vis.pca module
    • check_tensor_dtype()
    • compute_pca_features()
    • compute_pca_features_batch()
    • compute_pca_layerwise()
    • normalize_fn()
    • return_as_torch()
  • Module contents

Module contents